Eigentümer der Untersuchungsanstalt, die im öffentlich rechtlichen Bereich als Träger bezeichnet werden, sind das Land Nordrhein-Westfalen sowie die Kommunen Stadt Bielefeld und die Kreise Gütersloh, Herford, Höxter, Lippe, Minden-Lübbecke und Paderborn.

Das Chemische und Veterinäruntersuchungsamt Ostwestfalen-Lippe hat zwei Organe, den Vorstand und den Verwaltungsrat.

Der Vorstand ist für die operative Geschäftsführung der Untersuchungsanstalt verantwortlich und besteht aus einem Vorstandsvorsitzenden und mindestens einem weiteren Vorstand, die gemeinsam das CVUA-OWL vertreten.

Der Verwaltungsrat wird aus zwei Vertretern des Landes und jeweils einem Vertreter pro Kommune, also insgesamt 7 Mitgliedern, gebildet. Der Vorsitz wird von einem Vertreter des Landes, die Stellvertretung von einem Vertreter der Kommunen übenommen. Der Verwaltungsrat befasst sich in seiner Funktion als Vertreter der Träger mit grundsätzlichen strategischen Fragestellungen, verantwortet die betriebswirtschaftlichen Rahmenbedingungen und beaufsichtigt die Geschäftsführung des Vorstandes.