Eigentümer der Untersuchungsanstalt, die im öffentlich rechtlichen Bereich als Träger bezeichnet werden, sind das Land Nordrhein-Westfalen sowie die Kommunen Stadt Bielefeld und die Kreise Gütersloh, Herford, Höxter, Lippe, Minden-Lübbecke und Paderborn.
Das Chemische und Veterinäruntersuchungsamt Ostwestfalen-Lippe hat zwei Organe, den Vorstand und den Verwaltungsrat.