Im Dezernat 220 (Mikrobiologie und Zoonosen) wird im Teilbereich „Diagnostische Mikrobiologie“ die Untersuchung auf Bakterien und Pilze in tierischem Untersuchungsmaterial (von Groß- und Kleintieren) durchgeführt. Zur Untersuchung eingeschickt werden zum Beispiel Tupferabstriche der verschiedensten Lokalisationen, Kot-, Urin- oder Milchproben, Sockentupfer, Stallstaub sowie Organmaterial.

Die Untersuchung erfolgt in der Regel durch kulturelle Anzucht auf Nährmedien (z.B. Blutagar). Die Differenzierung der Bakterienarten wird mit Hilfe von Färbungen, biochemischen Reaktionen, molekularbiologischen Verfahren (PCR) und massenspektrometrischen Verfahren (MALDI-TOF) vorgenommen. 

Auf Wunsch werden Resistenzteste (Mikrodilutionsmethode) zur Auswahl eines geeigneten Antibiotikums zur Behandlung von erkrankten Tieren erstellt.

Ein besonderes Augenmerk gilt Bakterien, die von Tieren direkt oder von den aus ihnen gewonnenen Lebensmitteln auf den Menschen übertragen werden und Krankheiten auslösen können (sog. Zoonose-Erreger, z.B. Salmonellen). Im Rahmen eines jährlich durchgeführten Zoonose-Monitorings wird das Auftreten solcher Bakterienarten überwacht.

Auch der erste Schritt zur Überwachung der Anwendung von Arzneimitteln in Schlachttieren mithilfe eines Screening-Verfahrens (Drei-Platten-Hemmstofftest) wird in diesem Arbeitsbereich durchgeführt.