Mikroorganismen (Bakterien, Hefen, Schimmelpilze, Viren) sind allgegenwärtig - auch in unseren Lebensmitteln. Sie sind unerwünscht, wenn sie zu Erkrankungen oder zum Verderb führen. Es gibt aber auch viele Lebensmittel, die erst durch die Aktivität von Mikroorganismen ihre charakteristischen Eigenschaften erhalten (z.B. Joghurt, Kefir, Blauschimmelkäse, Salami).

Die Lebensmittelmikrobiologie bestimmt die Art und die Anzahl der Mikroorganismen (Bakterien, Hefen, Schimmelpilze) in Lebensmittel- und Wasserproben und stellt fest, ob Grenzwerte eingehalten werden oder ob die Probe frei von krankmachenden Mikroorganismen ist. Damit können Gesundheitsrisiken frühzeitig erkannt werden und Produkte gegebenenfalls aus dem Handel zurückgezogen werden oder Krankheitsursachen und –verläufe durch Lebensmittel aufgedeckt werden. Zudem wird überprüft, ob die Produktbeschaffenheit den deutschen oder europäischen Vorgaben (z.B. den Leitsätzen des Deutschen Lebensmittelbuches) entspricht. Zusätzlich wird kontrolliert, ob ein Lebensmittel gegen Ende der angegebenen Haltbarkeitsfristen noch verzehrfähig ist (z.B. Ende Mindesthaltbarkeitsdatum und Verbrauchsdatum).