Am CVUA-OWL werden im Rahmen des NRKP vor allem pharmakologisch wirksame Stoffe untersucht (s. Grundlagen). Dabei wird das entnommene Probenmaterial von Schlachttieren (Muskel, Niere, Leber) oder lebenden Nutztieren (Urin, Plasma), sowie tierischen Erzeugnisse wie Milch, Eier und Honig oder Tränkwässer gegebenenfalls zerkleinert und homogenisiert.
Nach Extraktion mit verschiedenen Lösungsmitteln erfolgt in der Regel eine Anreicherung und Aufreinigung mittels Festphasenextraktion.
Die so erhaltenen Extrakte werden flüssigkeitschromatographisch getrennt und massenspektrometrisch analysiert. Mit Hilfe von Vergleichssubstanzen (Standards) werden die Stoffe identifiziert und anschließend quantifiziert.