Mikroorganismen (Bakterien, Hefen, Schimmelpilze, Viren) sind allgegenwärtig - auch in unseren Lebensmitteln. Sie sind unerwünscht, wenn sie zu Erkrankungen oder zum Verderb führen. Es gibt aber auch viele Lebensmittel, die erst durch die Aktivität von Mikroorganismen ihre charakteristischen Eigenschaften erhalten (z.B. Joghurt, Kefir, Blauschimmelkäse, Salami).

Die Lebensmittelmikrobiologie bestimmt die Art und die Anzahl der Mikroorganismen (Bakterien, Hefen, Schimmelpilze) in Lebensmittel- und Wasserproben und stellt fest, ob Grenzwerte eingehalten werden oder ob die Probe frei von krankmachenden Mikroorganismen ist. Damit können Gesundheitsrisiken frühzeitig erkannt werden und Produkte gegebenenfalls aus dem Handel zurückgezogen