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Die nach Temperatur und Zeit verschiedenen Wärmebehandlungsverfahren (Pasteurisierung, Ultrahocherhitzung) töten hitzeempfindliche und pathogene Keime ab und erhöhen die Sicherheit und die Haltbarkeit der Milch:
- Traditionell pasteurisierte Frischmilch (Kurzzeiterhitzung bei 72 °C bis 75 °C)
- Länger haltbare pasteurisierte Frischmilch (Mikrofiltration und/ oder Hocherhitzung 125 °C)
- Ultrahocherhitze H-Milch (Erhitzung auf 135 °C)
Die Art der Wärmebehandlung beeinflusst die natürlichen Inhaltsstoffe der Milch in unterschiedlichem Maße, so dass z. B. über die Inaktivierung der Enzyme Phosphatase und Peroxidase zwischen Pasteurisierung und Ultrahocherhitzung unterschieden werden kann.
Wichtiger zu kontrollierender Qualitätsparameter der verschiedenen Milchsorten ist der Fettgehalt, daneben spielt aber vor allem die Überprüfung der mikrobiologischen Beschaffenheit eine große Rolle. Die einzuhaltenden mikrobiologischen Kriterien sind für Rohmilch in der EU-Verordnung 853/2004 und für wärmebehandelte Milch in der EU-Verordnung 2073/2005 festgelegt.
Da Milch ein wichtiges Grundnahrungsmittel ist, wird auch regelmäßig in verschiedenen Überwachungsprogrammen (Monitoring, Rückstandskontrollplan) auf gesundheitlich nicht erwünschte Stoffe wie Rückstände von Pflanzenschutz- und Schädlingsbekämpfungsmitteln, Antibiotika, Schwermetalle (Blei), Mykotoxine (Aflatoxin M1), Desinfektionsmittel oder Lösungsmittelrückstände untersucht.